Исследование панели генов наследственных опухолевых синдромов по результатам полноэкзомного секвенирования

Синдром Линча, наследственные полипозы желудочно-кишечного тракта (ЖКТ), синдром Коудена, синдром Пейтца - Егерса, множественная эндокринная неоплазия (МЭН), туберозный склероз, опухоль Вильмса, синдром Перлмана, синдром Гиппеля - Линдау, факоматоз, нейрофиброматоз, шванноматоз, синдром Ли - Фраумени, наследственная ретинобластома, анемия Фанкони, атаксия-телеангиэктазия, синдром Блума, синдром Ниймегена, синдром Вискотта - Олдрича, синдром Швахмана - Даймонда, врожденный дискератоз, наследственный рак молочной железы и яичников, пигментная ксеродерма, синдром Нунан, синдром Костелло, RAS-патии, наследственный панкреатит, наследственная гастроинтестинальная стромальная опухоль, синдром DICER1, синдром Хаддад, HOXB13-наследственный рак предстательной железы.

Lynchsyndrome, Familial Adenomatous Polyposis, Cowdensyndrome, Peutz-Jegherssyndrome, multiple endocrine neoplasia,tuberous sclerosis, Wilms' tumor,Perlman syndrome,von Hippel-Lindau syndrome,phakomatosis, neurofibromatosis, schwannomatosis, Li-Fraumeni syndrome,hereditary retinoblastoma,Fanconi anemia,ataxia-telangiectasia,Bloom syndrome,Nijmegen syndrome, Wiskott-Aldrich syndrome,Shwachman-Diamond syndrome,dyskeratosis congenita,hereditary breast and ovarian cancer,xeroderma pigmentosum,Noonan syndrome,Costello syndrome, RASopathies, hereditary pancreatitis, hereditary gastrointestinal stromal tumor (GIST), DICER1 syndrome, Haddad syndrome, HOXB13-hereditary prostate cancer.

Название гена

Полный алфавитный список исследуемых генов данной панели предоставляется по запросу.

Секвенирование следующего поколения (Next-Generation Sequencing, NGS).

Венозная кровь.

Наследственные опухолевые синдромы - группа заболеваний с повышенным риском развития злокачественных образований в течение жизни. Клинически наследственные опухолевые синдромы имеют ряд характерных черт: молодой возраст появления опухолей, более агрессивное течение, семейный анамнез болезни. Большинство наследственных опухолевых синдромов повышают риски развития злокачественных образований в нескольких локализациях.

Важным понятием в контексте наследственного рака является пенетрантность - вероятность развития заболевания при носительстве патогенного варианта в гене, изменения в котором предрасполагают к его появлению. При выявлении носительства патогенного варианта в одном из исследованных генов у пациента без выявленного злокачественного образования риск рака в течение жизни не равен 100 %. Вместе с тем выявление патогенного варианта при отсутствии опухоли позволяет изменить подходы к скринингу злокачественных образований у пациента и в некоторых случаях провести профилактические медицинские манипуляции, снижающие риск развития заболевания.

Выявление патогенного или вероятно патогенного варианта при идентифицированном опухолевом образовании значительно влияет на терапевтическую тактику (предполагает использование определенных схем химиотерапии, назначение таргетной терапии) и хирургическое лечение пациента, а также служит показанием к обследованию родственников первой линии больного.

Синдромы предрасположенности к полипам и раку желудочно-кишечного тракта: синдром Линча, наследственные полипозные синдромы (семейный аденоматозный полипоз, синдром Гарднера, синдром Тюрко и др.), синдром Коудена, синдром Пейтца - Егерса и некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к эндокринным неоплазиям: множественная эндокринная неоплазия (характеризуется опухолевым поражением двух и более эндокринных желез) нескольких типов, синдром наследственной параганглиомы и феохромоцитомы, синдром Карнея и некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к раку почки: туберозный склероз (болезнь Бурневилля), опухоль Вильмса (нефробластома), синдром Гиппеля - Линдау (VHL-синдром) и некоторые другие синдромы.

Факоматозы и нейрокутанные синдромы: нейрофиброматоз 1-го типа (болезнь Реклингхаузена), шванноматоз и вестибулярный шванноматоз.

Синдромы предрасположенности к саркомам и опухолям мягких тканей: синдром множественных экзостозов, синдром Ли - Фраумени (наследственный TP53-ассоциированный опухолевый синдром), наследственная ретинобластома и некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к гематологическим злокачественным новообразованиям: анемия Фанкони; наследственный рак, ассоциированный с генами теломерного комплекса; атаксия-телеангиэктазия (синдром Луи-Бар); синдром Блума; синдром Ниймегена; синдром Вискотта - Олдрича и некоторые другие синдромы.

Синдромы предрасположенности к раку молочной железы и яичников. «Поломки» в генах гомологической рекомбинации (в т. ч. BRCA1 и BRCA2) ассоциированы с синдромом наследственного рака молочной железы и рака яичников. Также возможно развитие другой онкопатологии.

Синдромы предрасположенности к раку кожи и меланоме: пигментная ксеродерма, синдром Горлина - Гольца, синдром семейных атипичных невусов и меланомы и некоторые другие синдромы.

RAS-патии - это синдромы нарушения развития с онкологическим риском, среди которых синдром Нунан, синдром Костелло, кардиофациокожный синдром и некоторые другие синдромы.

Прочие синдромы с уникальными опухолевыми спектрами: наследственный панкреатит, HOXB13-наследственный рак предстательной железы, наследственная гастроинтестинальная стромальная опухоль (ГИСО, GIST), синдром Хаддад и др.

Таблица «Исследование панели генов наследственных опухолевых синдромов»

• Выявление наследственных опухолевых синдромов, выявление наследственной предрасположенности к злокачественным новообразованиям.
• Обследование кровных родственников пациента с доказанной наследственной формой опухолевого синдрома.

• Когда клиническая картина заболевания гетерогенна и предполагает дифференциальный диагноз в рамках широкого спектра генетически-детерминированных заболеваний.
• Когда заболевание является наследственным, но количество потенциальных генов-кандидатов велико.
• Когда другими базовыми методами (кариотипирование, «точечное» генетическое обследование) не удалось установить причину заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы.

Полноэкзомное секвенирование - это высокотехнологичный метод анализа ДНК, прочитывающий все белок-кодирующие участки генома (экзом), содержащие ~ 85 % известных мутаций (патогенных вариантов). Полноэкзомное секвенирование выявляет однонуклеотидные замены (SNV), малые инсерции/делеции (in/del) до 50 п. н., некоторые вариации числа копий (CNV).

Выявление некоторых типов вариантов методом экзомного секвенирования затруднено или невозможно. К таким вариантам относятся структурные изменения хромосом (инверсии, транслокации, делеции, амплификации), полиплоидии, анеуплоидии, варианты, ассоциированные с протяженными участками триплетных и других повторов, варианты в генах с наличием в геноме близкого по последовательности псевдогена или паралога, варианты в GC-богатых участках, варианты в интронах за пределами канонических сайтов сплайсинга, эпигенетические варианты.

Метод имеет ограниченную чувствительность в отношении вариантов в состоянии мозаицизма.

Для получения заключения по результату обследования необходимо проконсультироваться у клинического генетика.

Онколог, генетик.

1) Рак ободочной кишки и ректосигмоидного перехода. Клинические рекомендации МЗ РФ. 2025 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/396_4.

2) Нейроэндокринные опухоли. Клинические рекомендации МЗ РФ. 2025 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/610_2.

3) Рак паренхимы почки. Клинические рекомендации МЗ РФ. 2025 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/10_5.

4) Л. А. Юсупова, Е. И. Юнусова, З. Ш. Гараева, Г. И. Мавлютова. Факоматозы: диагностика, клиника и особенности течения различных форм заболевания. Лечащий врач № 05, 2018.

5) Tamura R. Current Understanding of Neurofibromatosis Type 1, 2, and Schwannomatosis. IntJMolSci. 2021 May 29;22(11):5850. doi: 10.3390/ijms22115850.

6) Степанов, И., Васильева, Е., Соколенко, А., Имянитов, Е. (2022). Особенности наследственного TP53-ассоциированного опухолевого синдрома. Вопросы онкологии, 68(2), 140-148. https://doi.org/10.37469/0507-3758-2022-68-2-140-148.

7) Ретинобластома. Клинические рекомендации МЗ РФ. 2025 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/71_3.

8) Панферова А. В., Тимофеева Н. М., Ольшанская Ю. В. Генетическая диагностика анемии Фанкони. Обзор литературы // Онкогематология. - 2016. Т. 11. № 3. C. 76-85. doi: 10.17650/1818-8346-2016-11-3-76-85.

9) Рак молочной железы. Клинические рекомендации МЗ РФ. 2021 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/379_4.

10) Белышева Т. С., Наседкина Т. В., Клецкая И. С., Волкова А. С., Семенова В. В., Валиев Т. Т. Пигментная ксеродерма: клинико-генетические особенности и терапевтические подходы. Вопросы современной педиатрии. 2021;20(6s):611-617. https://doi.org/10.15690/vsp.v20i6S.2370.

11) Фаассен М.В. RAS-патии: синдром Нунан и другие родственные заболевания. Обзор литературы. Проблемы эндокринологии. 2014;60(6):45-52. https://doi.org/10.14341/probl201460645-52.

12) Гастроинтестинальные стромальные опухоли. Клинические рекомендации МЗ РФ. 2024 г. https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/551_3.

13) OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man).